HEXAGONには便利なツール類も充実しています、例えばサブディビジョンモデリング等のモデルから高度なサーフェス用の構築、体積操作まで、単純、複雑なあらゆる形状を簡単にモデリングできるようにするための多くの多面体用3Dモデリングツール、テクニックといったものが最初から備わっています。モデリングは最初はとても把握しずらい概念ですが、慣れてくるとこのツールを使って下地を作るようにアプリケーションを操ることができるようになるでしょう。立体的な顔や肉体、水着等の表面の難しいものなど、色々な対象についてのモデリングから描画がいとも簡単にできてしまう、また、アイディア次第で色々な使い方の手順も発見できるのだと思います。
他にもフリーハンドモデリングツール、ディスプレースメントモデリングなどがHEXAGONにはあり、ポリゴンを滑らかにするために、完全に直感的なタッチで実現できたり、ブラシを使って解像度の高い詳細を随所に決めることも可能、ここまでくるとグラフィックペイント的なツールと合体しているような感覚で操作ができます。